A Favignana, dormire a pochi passi dal mare è la norma per molti hotel. Le strutture si concentrano soprattutto nella zona di Cala Azzurra, Lido Burrone e vicino al centro storico, offrendo piscine all'aperto, giardini mediterranei e ristoranti di pesce. Diverse property hanno adottato soluzioni eco-compatibili, come il Cave Bianche Hotel, che vanta certificazioni UE e un servizio navetta gratuito dal porto. Il budget varia da soluzioni economiche come il Favignana Hotel Concept Holiday (con parcheggio gratuito) a resort con spa come Il Mulino.
Tra le strutture più apprezzate spiccano il Tempo Di Mare, con terrazza panoramica su Levanzo e ristorante di pesce, e lo Stabilimento Lido Burrone, valutato 97/100, direttamente sulla spiaggia con servizi moderni. Per chi cerca indipendenza, il Miramare Residence offre appartamenti con angolo cottura e accesso privato al mare. Ogni hotel si rivolge a un pubblico specifico: famiglie, coppie in cerca di romanticismo o viaggiatori attenti all'ambiente. Tutte le strutture includono WiFi gratuito e molte garantiscono un parcheggio senza costi aggiuntivi.