A Mykonos Town, i bed and breakfast offrono un'alternativa concreta agli hotel tradizionali: camere con vista mare, colazione inclusa e una posizione che consente di muoversi a piedi. Oltre a Pension Marias, struttura vicina a Agia Anna Beach, e Sunset Hill Suites, poco distante dall'aeroporto, ci sono circa 6 B&B selezionati in città, con tariffe che partono indicativamente da 80-120 € a notte in alta stagione. La zona di Mykonos Town (Chora) è la più comoda per chi vuole avere tutto a portata di mano: ristoranti, negozi e locali, mentre le strutture più periferiche come quelle vicino ad Amygdalidi garantiscono più tranquillità e spesso un parcheggio privato gratuito.
Tra i servizi ricorrenti di queste strutture ci sono la connessione Wi-Fi gratuita, l'aria condizionata e la colazione continentale con prodotti locali. Alcune strutture, come il Sunset Hill Suites, aggiungono una piscina a sfioro con vista sul mare e un ristorante di cucina mediterranea, mentre la Pension Marias si distingue per le camere economiche con balcone e la vicinanza alla spiaggia di Tourlos Beach e al Porto Vecchio, raggiungibile in 17 minuti a piedi. Per chi arriva in aereo, l'aeroporto di Mykonos è a circa 2-3 km dalla maggior parte delle strutture, e molte offrono un servizio navetta a pagamento o gratuito.