I B&B di Manfredonia offrono un'alternativa accogliente e spesso più economica rispetto agli hotel, con colazione inclusa, parcheggio e camere con vista sul mare o sul centro storico. Tra le zone migliori per soggiornare ci sono il lungomare di Libera, a pochi passi dalla spiaggia, e il centro storico, ricco di ristoranti e botteghe. La maggior parte delle strutture è a gestione familiare e propone camere climatizzate, WiFi gratuito e servizi aggiuntivi come trasferimenti aeroportuali o noleggio biciclette.
Tra i B&B più apprezzati spiccano il Centro Storico Rooms & Suites, con un punteggio di 96/100 e una posizione in un edificio storico, e Vista Beb Mare, che offre vasca idromassaggio e piscina sul tetto a pochi passi dal Lido di Siponto. La Dolce Vista - B&B di Charme sorge sul lungomare con giardino e ristorante interno, mentre Casa Manfredi dispone di parcheggio privato e camere per famiglie. Per un soggiorno all'insegna del rapporto qualità-prezzo, Dimora Diamante e B&B Orchidea Celeste sono ottime scelte, entrambe con voti superiori a 90. Si consiglia di prenotare con largo anticipo durante l'estate.